Sebanyak 16 pasukan telah layak ke Piala Malaysia 2020 iaitu 11 pasukan dari CIMB Liga Super manakala 5 pasukan dari Liga Premier. Undian Piala Malaysia 2020 akan diadakan pada 1 November 2020 dan sepak mula dijadualkan berlangsung pada 6, 7 dan 8 November 2020.

Berikut adalah senarai 16 pasukan yang layak ke Piala Malaysia 2020:

Liga Super
- Johor Darul Ta'zim
- Kedah
- Terengganu
- Perak
- Selangor
- PJ City
- Pahang
- UiTM
- Melaka United
- Sabah
- Felda United

Liga Premier
- Pulau Pinang
- Kuala Lumpur
- Kelantan
- Kuching
- Kelantan United

Pasukan 'feeder club' iaitu Terengganu II dan JDT II tidak layak beraksi di Piala Malaysia 2020 walaupun menduduki top 5 Liga Premier 2020.